Op kerkelijk gebied voltrokken zich in de 16^e eeuw grote veranderingen als gevolg van de reformatie, al duurde het nog wel lang alvorens deze kerkhervorming ook in het dagelijks leven op de Veluwe merkbaar was. Aanvankelijk vormde de kerkhervorming nog geen directe bedreiging voor de oude kerk, zeker niet in Beekbergen waar het grootste deel van de bevolking niets moest hebben van het calvinisme met zijn sobere eredienst en strenge moraal. De boeren wilden liever vasthouden aan de oude, vertrouwde vormen van de katholieke liturgie met haar ceremonies en vele kerkelijke feesten. Dat gold ook voor een deel van de adel, zoals de kasteelheren van ‘Het Oude Loo’ in Apeldoorn, de ‘Cannenburgh’ in Vaassen, ‘Duistervoorde’ in Twello en ‘Ter Horst’ in Loenen, die allen trouw bleven aan de kerk van Rome.

Maar van overheidswege werd de druk om over te gaan tot het protestantisme steeds groter en gaandeweg groeide ook in Beekbergen de behoefte aan een grondige hervorming van de kerk. Beekbergen kreeg rond 1550 te maken met de reformatie.

Op een vergadering van pastoors in Epe in 1556 werden grote misstanden gesignaleerd. Met de zondagsheiliging was het in de kerspels slecht gesteld. Op zon- en feestdagen werd in de herbergen volop sterke drank geschonken en verkocht, zelfs tijdens de kerkdiensten. Tijdens en na de zondagsmis werd binnen de herbergen en daarbuiten een levendige handel gedreven in allerhande producten.

Men ging zich te buiten aan schranspartijen en drinkgelagen en genoot van de meest dolzinnige feesten. Veel paren, ook met kinderen, lieten hun huwelijk niet inzegenen. Vechtpartijen waren aan de orde van de dag. In 1566 kreeg de kerk van Beekbergen te maken met de Beeldenstorm: de oude doopvont werd vernield en de binnenmuren van de kerk, waarop afbeeldingen van heiligen stonden, werden wit gekalkt.

Overigens leidden lang niet alle pastoors zelf ook een onberispelijk leven. Wat te denken van

Bernardus Cobius van Grol, pastoor van Beekbergen, die in 1573 in de herberg ‘Het Roode Hert’ ruzie kreeg met een varkenscastreerder (‘geltensnider’). Deze ‘geltensnider’ vluchtte naar het kerkhof naast de kerk. De pastoor achtervolgde de man met een geweer van een soldaat uit de herberg en schoot hem op het kerkhof dood. Pastoor Van Grol werd uit zijn ambt gezet en vervangen door Jacobus Worms. In 1582 kreeg Beekbergen zijn eerste predikant in de persoon van ex-pastoor Johannes van Eyll; hij wordt later opgevolgd door Henricus Essensius. Deze was een oud-pastoor en een notoire dronkaard. In 1598 verbood de classis hem de verdere bediening wegens concubinaat en onzuiverheid in de leer. Ds. Essensius verdedigde zich dat hij zich trouw aan de gereformeerde leer had gehouden en hij beloofde ook met zijn oude dienstmeid, met wie hij samenwoonde, te zullen trouwen. Hij moest zich aan een examen onderwerpen en de uitslag was negatief; hij werd geheel onbekwaam geacht voor het ambt. In 1603 moest hij zijn ambt neerleggen.

In het rampjaar 1672 komt predikant Joannis Acronis à Buma naar Beekbergen. Hij was een bekend dichter in die tijd. Hij heeft veel gedaan voor het onderhoud van de kerk en de toren. Hij is in 1705 overleden. De J.A. van Bumaweg in Beekbergen is naar hem vernoemd.

Als uitvloeisel van de reformatie werd in die tijd een begin gemaakt met het aanpakken van de zedenverwildering, de gewelddadigheid en rauwe onbeheerstheid van het volk. Deze beschaving richtte zich vooral tegen de uitbundigheid van volksvermaken en de daarmee samengaande uitspattingen.

Terwijl er binnen de kerk grote veranderingen plaatsvonden bij de overgang naar de gereformeerde godsdienst, was de breuk met het verleden buiten de kerkmuren veel minder groot. Bij kerkelijke plechtigheden zoals doopfeesten, bruiloften en begrafenissen bleven veel oude gebruiken bestaan. Zij werden in gezelschap van familie, kennissen en buren uitbundig gevierd. Het gewone volk legde zich dan ook maar met moeite neer bij de verboden en belemmeringen van hogerhand tegen zijn traditionele wijze van vermaken en feestvieren. Pas heel lang daarna zou men zich schikken in een meer sobere levenswijze.

In de loop van de 17^e eeuw schoot de reformatie steeds meer wortel. Allerlei overgebleven gebruiken uit de middeleeuwen verdwenen onder de invloed van de gereformeerde prediking en het onderwijs. Het geloofsleven in die eeuw werd gekenmerkt door een gemoedelijke godsdienstigheid die door een groot deel van de gemeenschap werd gedragen.