De 16^e eeuw begon al spoedig weer met strijd en verwoesting. Het was vaak een strijd tussen de hertog van Gelre en de bisschop van Utrecht. In 1503 trok de Utrechtse bisschop met zijn troepen voor het eerst plunderend over de Veluwe. In 1510 ontbrandde een nieuwe strijd tussen hertog Karel van Gelre en de Utrechtse bisschop Frederik van Baden. De bisschop nam een bende ruiters en voetknechten in dienst en begon vanuit Deventer de Veluwe regelmatig te plunderen. Een dorp als Beekbergen was weerloos tegen deze plunderingen. Steeds weer moest de boerenbevolking het ontgelden. Apeldoorn werd bij een van deze rooftochten zelfs grotendeels in brand gestoken.

De plattelandbewoners op de Veluwe in de late middeleeuwen en de 16^e eeuw leefden vrijwel uitsluitend van de landbouw. De boeren verbouwden voornamelijk rogge en gerst en op de meer vochtige gronden ook haver. De boer besteedde veel tijd aan het werken op het land. Hij ploegde en egde in mei, juni en oktober. Een derde van de oogst moest hij als zaaigoed bewaren voor het volgende jaar. Hij stond zo’n 130 dagen van het jaar op het open veld om zware vrachten plaggen te vervoeren naar de stal of het schaapschot. De koeien stonden in de potstal, een veestal met een verlaagde bodem waaruit de mest gedurende de hele stalperiode niet werd verwijderd. Daardoor kwamen de koeien door de opeenhoping van mest, stro en heideplaggen steeds hoger in de stal te staan. Het daarop volgende jaar werd de mest afgevoerd naar de enk. Op de schrale zandgronden werd toen ook al wisselteelt toegepast: twee jaar rogge, daarna een jaar haver of gerst en vervolgens weer rogge.

Stoppelvelden werden begraasd en zodoende ook weer bemest.

Een boer hield ook kippen of bijen. Bijenvolken leverden behalve honing ook bijenwas voor verlichting of het onderhoud van leer. De boeren in Beekbergen maakten veel gebruik van paarden. Deze hadden een hoger werktempo en waren wendbaarder dan de ossen.

Naast akkerbouw was ook veeteelt in die tijd belangrijk. In 1526 werd er in het kerspel Beekbergen een veetelling gehouden. Er werden 1352 runderen, 550 paarden, 224 varkens en 6063 schapen geteld. Vooral het grote aantal paarden viel daarbij op. De paarden werden waarschijnlijk niet alleen als trekpaard gebruikt, maar ook om mee te fokken. Er werd veel vee gehouden in verhouding tot het aantal inwoners, want het kerspel Beekbergen (met Loenen en Zilven) had in datzelfde jaar 970 inwoners; Apeldoorn had toen 1310 inwoners.

Al met al was het voor een boer een taai en moeilijk bestaan, alleen door hard werken konden hij en zijn gezin het hoofd boven water houden. Tegen het einde van de 16^e eeuw verbeterden de omstandigheden enigszins door de komst van enkele nieuwe producten zoals boekweit en aardappelen. Door de komst van deze gewassen konden toen van eenzelfde stuk grond twee à driemaal zoveel mensen eten. Boekweit was een gewas dat ook verbouwd kon worden op schrale gronden. Maar misoogsten en ziekten onder het vee en de voortdurende oorlogshandelingen brachten de boer vaak armoede en onzekerheid. Een op de zes jaar was dan ook een hongerjaar.

De boeren hadden het dus niet altijd even gemakkelijk. Er moest zware arbeid worden verricht. Na een dag van hard werken werd bij winterdag al snel het bed opgezocht. Maar wanneer de dagen langer werden, zochten boer en knecht vertier in de herberg. In de middeleeuwen kwam het volk daar graag samen. Om een verhaal aan te horen van een reiziger of om het dobbelspel te spelen op een speelbank. Ook in de herberg ‘Het Roode Hert’ aan de Engelanderweg ter hoogte van de Konijnenkamp in Beekbergen heeft zo’n speelbank gestaan waar ook het kaartspel werd gespeeld. Een knecht kreeg soms vrijaf van de boer. Hij maakte er dan in de herberg een vrolijke dag van en deed zich tegoed aan een flinke maaltijd met bier. Het was daar in de herberg vaak een drukte van belang.

Marskramers kwamen langs met hun koopwaar en soldaten vertelden over hun avonturen. Soms groeiden dit soort bijeenkomsten uit tot een waar drinkgelag.

Voor de bevolking van Beekbergen en omgeving is de periode van 1543 tot 1566 een adempauze geweest. De mensen konden zich tamelijk ongestoord bezighouden met de gewone zorg voor het dagelijks brood. Aan deze jaren van betrekkelijke rust kwam een einde met het begin van de tachtigjarige oorlog en de komst van de hertog van Alva en het Spaanse leger in 1566. Zo kreeg ook Beekbergen al gauw te maken met de strijd tussen de Spanjaarden en de Geuzen. In deze omgeving was weliswaar een afkeer van het optreden van de Spanjaarden, maar men moest ook weinig hebben van de Geuzen. Al in het voorjaar van 1567 werden de boeren op de Oost-Veluwe door de Spanjaarden verplicht wachtdiensten te lopen langs de IJssel tegen eventueel binnenvallende Geuzen. Ook werden de boeren ingezet voor transport van proviand en tenten naar het Spaanse leger in Loenen, Arnhem en Zwolle.

In 1575 moest het schoutambt Apeldoorn, waartoe ook Beekbergen behoorde, heel veel geld opbrengen voor het onderhoud van de Spaanse troepen in Nijkerk en Barneveld. Deze maatregel was getroffen om plunderingen van de Spaanse troepen te voorkomen. Het was het begin van een verschrikkelijke tijd in Beekbergen en Apeldoorn. 

De Spaanse garnizoenen van Deventer en Zutphen vielen keer op keer de Veluwe binnen en trokken rovend en brandstichtend rond. Het Veluwse platteland had ontzettend te lijden van de strooptochten en afpersingen van zowel de Spanjaarden als de Geuzen. Bovendien zwierven afgedankte huurlingen in bendes over de Veluwe rond en zaaiden dood en verderf.

Veel inwoners werden bedreigd in hun bestaan. Het allerergste hebben de inwoners van Beekbergen waarschijnlijk in 1584 meegemaakt. Spaanse troepen uit Zutphen hebben toen vreselijk huisgehouden. Huizen en boerderijen werden in brand gestoken en huisraad en kleding werd meegenomen. Veel boeren in Beekbergen zijn toen met hun vee de bossen en moerassen ingevlucht. Anderen zijn met achterlating van hun vee en andere eigendommen gevlucht naar Deventer en Voorst. Aan deze verschrikkelijke periode kwam pas een einde toen Maurits en Willem Lodewijk in 1591 Deventer en Zutphen op de Spanjaarden veroverden.

Voor Beekbergen en de omliggende dorpen brak toen eindelijk een periode aan van betrekkelijke rust.