Beekbergen had in de 11e eeuw een kerkje in de vorm van een klein tufstenen gebouwtje. Het stond op de plaats van de huidige dorpskerk. Dat kerkje heeft geen toren gehad. Een oude sage vertelt dat men eerst een kerk wilde bouwen op de Papenberg. Op deze Papenberg hadden monniken hun laatste rustplaats. Toen de bouwers de stenen daar hadden gebracht en de volgende dag met de bouw wilden beginnen, waren de stenen ‘s nachts door een geheimzinnige macht naar een lager gelegen plek gebracht. De bouwers besloten toen om daar maar de kerk te bouwen, dus op de plek van de huidige dorpskerk.
De eerste romaanse stenen kerk besloeg in de lengte ongeveer de helft van het huidige kerkgebouw. Het was een zaalkerk met een smal koor. In de 13e eeuw is deze kerk uitgebreid met de onderste geledingen van de toren. In de 14e eeuw werd het romaanse koor afgebroken en vervangen door een gotisch koor met spitsbogen, kruisribgewelven en grote glasramen. Het nieuwe koor werd ook hoger gemaakt. In de 15e eeuw werd aan weerszijden van het schip van de kerk een zijbeuk toegevoegd en werden de muren van het dan bestaande schip doorgebroken, waardoor de nog steeds aanwezige zware pilaren en scheibogen tussen middenschip en zijbeuken ontstonden. In 1447 kreeg de kerk een rechtgesloten koor waarop grote muurschilderingen werden aangebracht. In de 16e eeuw werd de sluitmuur van het koor weggebroken en werd de huidige laatgotische koorpartij aan het koor toegevoegd. Al met al heeft de totale bouw van de kerk plaatsgevonden tussen ongeveer 1100 en 1550. De kerk in Beekbergen was gewijd aan de heiligen Fabianus en Sebastianus.
Aan de gewelven in de kerk hangen vier massief koperen kroonluchters. Een van deze kaarsenkronen is geschonken door Berend Capel in het jaar 1777; hij was molenaar op de ‘Gasthuismolen’ in Lieren.
De eikenhouten kansel in de kerk dateert uit 1842. De lezenaar is uit 1777 en draagt het wapen van de stad Arnhem en is voorzien van de woorden: Herm Coerts Custos 1777. Herman Coerts was koster van de kerk, maar ook schoolmeester, voorzanger, doodgraver en kerkmeester.
Het orgel in de kerk was een schenking van koning Willem I en was afkomstig uit de Mariakerk in Apeldoorn; het werd in 1842 door de kerkmeesters Kruimer en Boks in ontvangst genomen. Het orgel is vervaardigd door de Duitse orgelbouwer Johann Gustav Schilling.
Er bevinden zich twee grafzerken in de vloer van het koor. Een zerk van de op 19 augustus
1627 overleden kerkmeester Reinder Reinders. En een zerk waarop staat te lezen: ‘Anno 1626 den 9e september is in de Here Gherust Meister Marten Orges den oldsten pappyere maecker ghewest in Gelderlandt’. Het is dus de grafzerk van Marten Orges een van de bekendste papiermakers uit de 17e eeuw.
Het oudst bewaarde deel van de oorspronkelijke kerk is de toren. De toren stamt uit ca. 1200. Aan de buitenmuren is te zien dat de toren in drie geledingen is verdeeld, die in feite de torenverdiepingen aangeven. Toen de kerk door de diverse verbouwingen steeds hoger werd, moest ook de toren worden verhoogd. Het onderste deel van de toren is deels in tufsteen gebouwd; het hoogste gedeelte met de vier hoektorentjes in baksteen.
De oorspronkelijke torenspits was ranker en hoger dan de huidige spits. Door blikseminslag ging de hoge spits in 1841 verloren. De toren kreeg daarna eerst een lantaarnbekroning en pas in 1867 de huidige korte spits met smeedijzeren kruis en koperen weerhaan. Tegelijk met de huidige spits werden de vier hoektorentjes op de bovenste geleding gebouwd.
In de toren hangen twee klokken. Een luidklok die in 1616 is gegoten door klokkengieter
Hendrik Wegewaert uit Deventer. Deze klok heeft als opschrift: ‘Verbum Domini manet in
Aeternum. Hendrick Wegewaert me fecit. Daventriae anno 1616. Reiner Reinersen en Gerrit Tissen Karckmeisters des kerspels Beckbergen hebben mi laten gieten’. De kosten voor de klok bedroegen 861 gulden. De tweede klok is gemaakt in 1950 en verving een door de Duitsers in 1943 geroofde klok uit 1739.
De ingang van de kerk onder de toren is nog geheel oorspronkelijk. Alleen de boogvulling en een klein stukje muur langs de posten zijn er in de 19e eeuw ingezet, om deze ingang passend te maken voor de deur van een arrestantenhok, waarvoor het torenportaal toen werd gebruikt. De doorgang naar de kerk was toen met een muur afgesloten. De kerk van Beekbergen is het oudste monument in de gemeente Apeldoorn.
Het is een rijksmonument. De kerk is eigendom van de hervormde gemeente Beekbergen; de toren is eigendom van de burgerlijke gemeente Apeldoorn.
